腸を構成する小腸や大腸に常在している正常な細菌叢｛そう｝（微生物群）。腸内細菌叢ともいう。腸管細菌叢も同義として扱われることが多く、広義には食道、胃、十二指腸までを含めて考える。常在する細菌の構成（腸型）をエンテロタイプとよび、これらの細菌のほとんどは大腸に常在し、回盲弁（小腸から大腸へつながり、大腸からの逆流を防ぐ役割をもつ弁）から遠い大腸の遠位部になるほど多くみられる。その種類は100種以上ともいわれ、おもに病原細菌の侵入を阻止すると同時に増殖を抑えるように働くが、腸の疾患や感染症の原因となることもある。大腸内は、口腔(こうくう)内にも存在するバクテロイデス属Bacteroidesと、ビヒダス箘（ビフィズス菌）と総称されるビフィドバクテリウム属Bifidobacteriumなどの細菌で占められているが、腸内細菌の構成は食事の内容や体調に左右され、また加齢に伴う変化もみられる。ビヒダス菌などの常在細菌は、共生あるいは互いに拮抗して腸内のバランスを保ち腸内環境を整えるように働くが、ひとたびバランスが崩れると下痢や便秘、免疫力の低下などさまざまな症状が引き起こされる。腸内の常在細菌には免疫力を高める働きもあることが明らかになってきており、腸内の有害細菌の繁殖に対して治療目的で健康な人の便を移植する便微生物移植なども行われるようになっている。
日頃の食生活が非常に大切です。
